La Sala de Reconocimiento de Verdad y Responsabilidad lo llamó por los hechos sucedidos entre 2002 y 2003, en la Cuarta Brigada que él comandaba.
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La Jurisdicción Especial para la Paz (JEP) llamó a rendir versión al general retirado Mario Montoya, el 15 y 16 de septiembre, por las investigaciones que se adelantan por ejecuciones extrajudiciales en el subcaso de Antioquia, parte del caso 03. Esta es la segunda vez que es llamado dentro del caso; la primera fue en 2019.
Según la información recolectada por la JEP, y después de que su nombre fuera mencionado en varios informes de la investigación, durante la comandancia de Montoya en la Cuarta Brigada del Ejército –entre el 1 de enero de 2002 y el 15 de diciembre de 2003–, ocurrieron crímenes asociados con falsos positivos